Procesory graficzne w walce z wirusem H1N1

Naukowcy z Uniwersytetu w Bristolu w Wielkiej Brytanii oraz uniwersytetów Bansomdejchaopraya Rajabhat i Chulalongkorn w Bangkoku zastosowali symulacje komputerowe w celu zobrazowania zmian w dynamice struktury chemicznej i biologicznej wirusa H1N1 spowodowanych mutacjami, pomyślnie tworząc pierwszy obraz wirusowego mechanizmu odporności na istniejące leki przeciwgrypowe.

Zespół naukowców odkrył mechanizm odpornościowy wirusa H1N1, wykorzystując niewielki klaster wyposażony w wysokowydajne procesory graficzne Nvidia Tesla oraz oprogramowanie do obliczeń dynamiki molekularnej AMBER, w czasie o połowę krótszym i przy użyciu jedynie jednej piątej serwerów niż miałoby to miejsce w przypadku klastera opartego wyłącznie na procesorach centralnych.

– Czterowęzłowy klaster z ośmioma procesorami graficznymi pozwolił nam na przeprowadzenie i powtórzenie znacznie większej liczby złożonych symulacji w porównaniu ze standardowymi rozwiązaniami – tłumaczy doktor Christopher Woods, kierownik zespołu badawczego z Wielkiej Brytanii.

– Dzięki temu mogliśmy dokładnie zbadać wszystkie interesujące nas mutacje wirusa i stworzyć szczegółowy obraz, który pozwolił nam na szybką identyfikację głównych etapów mechanizmu tworzenia się odporności wirusa. Jeśli nasz system byłby wyposażony wyłącznie w procesory centralne i zawierałby od 16 do 24 procesorów, to zadanie zajęłoby przynajmniej dwa razy więcej czasu. Poza tym nie mielibyśmy klastra do wyłącznej dyspozycji, ponieważ wielu badaczy uniwersyteckich również potrzebuje mocy obliczeniowej.

– Do niedawna przydatność symulacji komputerowych układów biologicznych w badaniach nad lekami i zapobieganiem chorób była niewielka, ponieważ wymagały one dużych i drogich superkomputerów – dodaje Sumit Gupta, dyrektor ds. produktów Tesla w firmie Nvidia. – Obecnie możemy stosować niewielkie i niedrogie serwery wyposażone w procesory graficzne, które zapewniają wysoką wydajność niezbędną do prowadzenia badań naukowych.